โรคภายในที่ผู้หญิงมีโอกาสเป็นได้ทุกคน สาเหตุหนึ่งเกิดจากเลือดประจำเดือนไหลย้อนกลับ แล้วเข้าไปฝังตัวอยู่ในช่องท้อง ผนังมดลูกและรังไข่ ทำให้บริเวณนั้นเป็นพังผืดมองเห็นเป็นจุดเลือดออกสีแดงหรือสีดำ โดยจะมีลักษณะข้นคล้ายช็อกโกแลตสะสมอยู่ในบริเวณนั้น เมื่อผ่านไปในแต่ละเดือน ผู้ป่วยโรคช็อกโกแลตซีสต์มักมีอาการปวดประจำเดือนอย่างรุนแรง คลื่นไส้ และอาเจียน
ช็อกโกแลตซีสต์เป็นโรคที่พบบ่อยในสตรีวัยเจริญพันธุ์ ส่วนอาการของช็อกโกแลตซีสต์ ไม่ใช่อาการเฉพาะเจาะจงอาจพบในโรคอื่นได้เหมือนกัน โดยมากอาการของช็อกโกแลตซีสต์ มักจะได้แก่ปวดท้องน้อยเรื้อรังเมื่อมีประจำเดือน และจะปวดมากขึ้นทุกๆ เดือน โดยจะปวดท้องด้านหน้า ตั้งแต่สะดือไปถึงอุ้งเชิงกราน ส่วนด้านหลังตั้งแต่บั้นเอวไปถึงก้นกบ อาจปวดท้องประจำเดือนจนเป็นลม มีอาการลำไส้แปรปรวน ท้องอืด ท้องเสีย ปวดมากเวลาขับถ่าย ถ่ายอุจจาระเป็นเลือด ปัสสาวะเป็นเลือด ปัสสาวะบ่อย ปวดเสียดในท้อง ปวดหลัง ปวดร้าวลงขา รวมทั้งมีอาการเจ็บปวดเมื่อมีเพศสัมพันธ์ และสุดท้ายคือ จะมีบุตรยาก เพราะท่อนำไข่ตีบตัน สาเหตุมาจากมีพังผืดรั้งอยู่ ทำให้ท่อนำไข่ไม่สามารถทำงานได้